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Herramienta Avanzada · Células de Mamífero

Clonalyzer 2

De CSV crudo a cinética fed-batch lista para comparar clones, defender resultados y exportar figuras o reportes sin salir del navegador.

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¿Cómo funciona?
1
Carga el CSV crudo
Acepta layouts con o sin fila de metadata, reconoce coma decimal europea y levanta el experimento completo por clon y réplica.
t_hr Clone Rep
2
Define ventana y modo
Seleccionas fase exponencial y eliges Lote o Lote alimentado para que el motor use el modelo correcto en cada intervalo.
0–96 h Lote Fed-batch
3
Calcula tasas y rendimientos
Obtiene μ, qGlc, qLac, qP, qGln, qGlu, rendimientos y métricas integrales corrigiendo el efecto de alimentación cuando corresponde.
20+ parámetros IVCD / ITVC
4
Explora y exporta
Genera familias de gráficas interactivas, comparaciones por clon y salidas listas para cuaderno de laboratorio, informe o respaldo local.
Plotly PDF ZIP
Por qué importa
No es solo graficar un cultivo. Es cerrar un pipeline de interpretación.
En fed-batch, los datos no son comparables por inspección directa: las alimentaciones cambian volumen, diluyen metabolitos y pueden producir conclusiones falsas si se mezclan efectos de proceso con actividad celular real. Clonalyzer 2 existe para convertir una tabla cruda en una lectura cinética defendible entre clones, réplicas y fases del cultivo.
Carga
Una corrida genera horas de spreadsheet
Cada intervalo exige recalcular tasas, revisar signos, normalizar por células y consolidar salidas por clon y réplica.
Riesgo
La alimentación distorsiona concentraciones
Un cambio de glucosa o lactato puede reflejar metabolismo, dilución, aumento de volumen o una mezcla de los tres.
Escala
El problema se multiplica por clon y réplica
Lo que ya es lento en un cultivo se vuelve impráctico cuando hay comparaciones sistemáticas entre candidatos.
Respuesta
Clonalyzer automatiza cálculo y presentación
Te devuelve parámetros, figuras y reportes en un flujo único, sin scripts, sin instalación y sin subir datos a ningún servidor.
1
Motor cinético base
Calcula la tasa específica de crecimiento y organiza los intervalos de análisis por fase del cultivo.
Cinética común
Entradas mínimas
Tiempo de cultivo, clon y réplica t, Clone, Rep
VCD, DCD, viabilidad y metabolitos principales VCD, Glc, Lac
Ventana de fase exponencial configurable t_exp
Salidas base
μ por intervalo y resumen por fase μ
Base temporal para q y rendimientos Δt
Tasa específica de crecimiento
μ =
ln ( VCD2 / VCD1 )
Δt
Decisión metodológica crítica: μ siempre se calcula desde VCD, no desde conteo total. Usar TC = VCD × V produciría artefactos negativos cuando el volumen baja por muestreo.
Separación de fases
exp ↔ stationary
La app resume tasas de manera separada dentro y fuera de la ventana exponencial para evitar promedios que mezclen comportamiento biológico de fases incompatibles.
2
Dos modelos de cálculo: lote y fed-batch
Cambia automáticamente la base matemática para distinguir metabolismo real del efecto de dilución por alimentación.
Modelo híbrido
Modo lote
No requiere volumen del cultivo IVCD
Normaliza q por integral viable basada en concentración ΔIVCD
Modo lote alimentado
Requiere Vol_mL e is_post_feed V, feed
Pasa de concentración a balance de masas al iniciar alimentación M, TC
Lote — normalización por IVCD
ΔIVCD =
VCD1 + VCD2
2
× Δt
En ausencia de alimentación, los cambios de concentración son una representación razonable de la actividad celular y se pueden normalizar directamente por IVCD.
Fed-batch — cambio a masas y células totales
Mi = Ci × V / 1000 · TC = VCD × V
Razón del cambio: después de un feed, una caída de concentración puede ser dilución y no consumo. El modelo híbrido corrige eso migrando a masas totales dentro del reactor.
Exclusión del punto de transición
FALSE → TRUE = skip interval
Los intervalos donde is_post_feed cambia de FALSE a TRUE se excluyen por completo, porque el salto observado refleja el bolo de alimentación y no el metabolismo entre dos estados comparables.
3
Parámetros, figuras y reportes
Convierte el análisis en salidas listas para comparar clones, discutir resultados y documentar la corrida.
Exploración y export
Parámetros y visualizaciones
20+ parámetros: μ, q, rendimientos, IVCD / ITVC y fluorescencia kinetics
4 familias de gráficas: scatter, mean ± SD, barras y correlaciones plots
Correlaciones configurables por demanda custom
No es solo un motor de cálculo: la salida ya está pensada para discusión experimental. Eso incluye visualización, resumen por fase y empaquetado en formatos que realmente se usan después del análisis.
Tasas específicas
qi =
ΔCi o ΔMi
ΔIVCD o ΔITVC
La base del numerador y del normalizador cambia según modo de cultivo. Ese detalle es el que vuelve comparables los resultados entre batch y fed-batch real.
Salidas de reporte
Scatter plots
Series temporales por clon y réplica para inspección directa.
Mean ± SD
Comparación agregada entre clones con variabilidad visible.
PDF report
Formato compacto o completo, listo para cuaderno de laboratorio.
ZIP bundle
CSV, PNG y salidas empaquetadas en una sola descarga.
20+ parámetros cinéticos
Fase exponencial configurable
Lote y lote alimentado híbrido
Python científico vía Pyodide
PDF y ZIP en un clic
Sin datos al servidor

Carga un CSV y cierra el análisis cinético completo sin salir del navegador.

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