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Herramienta Avanzada · Bioprocesos

YSI Processor

De exports crudos del YSI 2950 a una decisión QC defendible: agrupa réplicas, detecta outliers y prioriza qué lecturas merecen confianza, revisión o descarte.

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¿Cómo funciona?
1
Carga BioSample CSV crudos
Acepta uno o varios archivos del YSI 2950 y reconstruye réplicas verdaderas a través de múltiples secuencias de placa dentro del mismo batch.
BioSample*.csv BatchName WellId
2
Ejecuta QC estadístico por réplica
Calcula media, SD y CV, luego combina tres pruebas independientes de outlier para recomendar descarte o escalamiento a revisión.
CV% Modified Z Leave-One-Out
3
Entrega una salida accionable
Ordena wells problemáticos primero, genera tabla pivote para Excel y exporta archivos listos para reportes o trazabilidad posterior.
PASS / FAIL pivot table 4 CSV
Por qué importa
No resuelve una cuenta aislada. Resuelve un cuello de botella de decisión.
En un flujo real de bioprocesos, los datos del YSI no se quedan en la hoja de cálculo: afectan seguimiento metabólico, interpretación de consumo, discusión de anomalías y, en muchos casos, ajustes de alimentación o criterio de continuidad. El problema no es solo calcular una media; es decidir si una lectura representa de verdad al cultivo o si una réplica defectuosa está contaminando toda la interpretación.
Fricción
El YSI exporta datos, no conclusiones
El CSV crudo obliga a reagrupar muestras, revisar secuencias de placa y recalcular estadísticos antes de poder discutir resultados.
Riesgo
El CV alto no dice cuál réplica falló
Sin una heurística consistente, la depuración del dato termina siendo subjetiva y cambia según quién revise el archivo ese día.
Impacto
Un pozo mal interpretado escala rápido
Glucosa, lactato, glutamina o glutamato con QC dudoso pueden arrastrar tendencias falsas y afectar decisiones aguas abajo.
Respuesta
YSI Processor convierte review manual en triage
Priorizas qué wells revisar primero, qué réplica re-inspeccionar y qué datos ya están listos para informe o Excel.
1
Reconstrucción de réplicas
Agrupa correctamente wells repetidos a través de diferentes secuencias de placa dentro del mismo batch.
Parsing y grouping
Entradas
Uno o varios archivos exportados por el YSI 2950 CSV
Identificadores de batch, well y analito B + W + A
Metadatos de plate sequence preservados para trazabilidad PlateSequence
Salida estructural
Grupo único de réplicas por pozo y analito G
Plates originales retenidas como contexto de QC meta
Clave de agrupación
G = BatchName + WellId + ChemistryId
Punto clave: PlateSequenceName no fragmenta la réplica. Se conserva como metadata, pero no redefine la muestra física cuando el mismo pozo aparece en varias corridas del mismo batch.
Estadísticos base por grupo
Mean · SD · CV%
Estos son los estadísticos mínimos que luego alimentan la decisión de PASS, CLEANED, REVIEW o FAIL para cada combinación well+analyte.
El valor de este módulo está en la semántica del dato: no trata cada fila del CSV como observación aislada, sino como parte de una muestra biológica repetida en diferentes corridas del equipo.
2
Motor de outliers por consenso
Combina tres pruebas independientes para recomendar descarte cuando una sola réplica explica la variabilidad.
QC estadístico
Señales que evalúa
Modified Z-Score robusto con mediana y MAD Z*
IQR Fence para extremos fuera del rango central IQR
Leave-One-Out CV para medir mejora real al retirar una réplica LOO-CV
Decisión
Consensus signals mínimos para recomendar descarte N flags
Réplica candidata a re-inspección o descarte xi
Modified Z-Score
|Z*| = | 0.6745 ×
xi − mediana
MAD
|
Motivo de uso: es robusto cuando el grupo es pequeño o la distribución no es aproximadamente normal, algo muy común en replicados de bancada.
Leave-One-Out CV
xcand = argmin ( CV )
No basta con ser extremo: la réplica señalada debe además explicar la mejora estadística más fuerte del grupo si se elimina.
Regla de consenso
Discard si flags ≥ consensus
Cuando varias réplicas califican, YSI Processor desempata por mayor score de flags, mejor mejora de CV y mayor desviación respecto a la mediana.
3
Triage final y exports
Resume el QC en estados operativos y deja los resultados listos para pegar en Excel o archivar como evidencia.
Salida accionable
Resultados visibles
Tabla pivote por well y analito pivot
REVIEW y FAIL primero triage
Flags auditables por réplica audit
Estados QC del grupo
PASS
CV bajo umbral y sin flags relevantes.
CLEANED
Un outlier se descarta y el grupo pasa después de limpiar.
REVIEW
El grupo sigue dudoso pero no hay un culpable único defendible.
FAIL
Ni removiendo la peor réplica el grupo recupera calidad aceptable.
Exports
ysi_summary.csv
Resumen por grupo con estadísticos raw y cleaned.
ysi_measurements_annotated.csv
Detalle por réplica con scores y flags de QC.
ysi_outliers.csv
Solo wells o réplicas que requieren revisión o descarte.
ysi_file_manifest.csv
Trazabilidad de archivos cargados y metadatos de sesión.
PASS no significa verdad absoluta: significa que, bajo los umbrales elegidos y con las señales disponibles, no hay evidencia suficiente para objetar el grupo. La herramienta estandariza el juicio, no reemplaza criterio experimental.
Agrupación cross-plate por Batch + Well + Analyte
3 métodos independientes de outlier
PASS · CLEANED · REVIEW · FAIL
Tabla pivote lista para Excel
4 exports CSV y Python CLI
Procesamiento local en navegador

Carga tus BioSample CSV y convierte el review manual en una decisión QC trazable.

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